Simon dan Kamina lahir dan dibesarkan di desa bawah tanah yang dalam, tersembunyi dari permukaan dongeng. Kamina adalah meriam lepas berjiwa bebas yang bertekad membuat nama untuk dirinya sendiri, sementara Simon adalah seorang anak muda pemalu tanpa aspirasi nyata. Suatu hari saat menggali bumi, Simon menemukan benda misterius yang ternyata menjadi kunci penyalaan ke artefak perang kuno, yang keduanya dijuluki Lagann. Dengan menggunakan senjata baru mereka, Simon dan Kamina menangkis serangan mendadak dari permukaan dengan bantuan Yoko Littner, seorang berdarah panas berambut merah yang memegang senjata besar yang berkeliaran di dunia atas.

Setelah pertempuran, langit sekarang terlihat jelas, mendorong Simon dan Kamina untuk berangkat dalam perjalanan bersama Yoko untuk menjelajahi daerah terlantar di permukaan. Segera, mereka bergabung dalam perang melawan “Beastmen,” makhluk humanoid yang meneror sisa-sisa umat manusia dalam robot kuat yang disebut “Gunmen.” Meskipun mereka menghadapi beberapa tantangan dan kemunduran, ketiganya dengan berani melawan musuh baru ini bersama para penyintas lainnya untuk merebut kembali permukaan, sambil perlahan mengungkap misteri seukuran galaksi.